17 сентября 1939 года советские войска вступили в Галицию. Новая власть ограничила деятельность Греко-католической церкви, некоторых священнослужителей арестовали. По всей Галиции проходили облавы, аресты и расстрелы.

После присоединения Галиции к Москве сложилась уникальная ситуация: количество униатских приходов в СССР превышало количество православных приблизительно в 10 раз.

Митрополит Сергий Страгородский немедленно с помощью НКВД вызвал в Москву всех епископов автокефальной Польской церкви и подчинил их себе, прочитав разрешение от клятв.

В ноябре 1939 года Папа назвал о. д-ра Иосифа Слипого преемником митрополита Галицкого. Он был тайно посвящен в епископы в часовне на Святоюрской горе. В 1940 году митрополит Андрей созвал во Львове архиепархиальный собор, который был направлен на обновление духовной жизни в церкви. Собор был необычен по содержанию: кроме докладов и богослужений он содержал духовные размышления всех участников на тему сохранения веры и церковной жизни в условиях атеистического режима. Активное участие в соборе принял о. д-р Гавриил Костельник, только что вступивший в должность настоятеля Преображенской церкви Львова.

Весной 1940 года московский митрополит Сергий назначил епископа Николая Ярушевича экзархом Западной Украины, подчинив ему остальных епископов: Галицко-Тернопольского Алексия Громадского, Ровенского Симона, Дубенского Поликарпа, Ковельского Дамаскина и других.

25 марта епископ Николай Ярушевич приехал в единственный православный храм в Галиче, где в проповеди сказал, что мир с греко-католиками возможен в том случае, если они отрекутся от Рима и подчиняться православной церкви. 3 мая 1941 года во Львов приехал от митрополита Сергия епископ Пантелеимон Рудык, которого в храме св. Георгия (православном Юре) прихожане встретили с хлебом и солью. Владыка Пантелеимон объявил о восстановлении львовской православной кафедры в составе Московской патриархии и пригласил галичан в "отеческую веру". На приветствие митрополита Андрея Шептицкого он не ответил и после службы уехал в Почаевскую лавру. Никаких обращений в православие местного населения не последовало.

Как только немецкие войска вторглись в Украину, православные епископы немедленно вышли из юрисдикции Сергия и сотворили свою автокефалию.

За неполных два года Советской власти было расстреляно несколько тысяч галичан, среди которых были ближайшие родственники митрополита Шептицкого. Свыше 200 тысяч было выслано за Урал. Галичане назвали те неполные два года "временем первых большевиков".