После польско-украинской войны 1918-1919 войны митрополиту Шептицкому, находившемуся под домашним арестом в соборе Св. Юра, удалось договориться с правительством Речи Посполитой о новых условиях существования Греко-католической церкви в Галиции.

8 сентября 1925 г. в Варшаве он присягнул на верность и лояльность Польской республике вместе со всеми католическими епископами на основе конкордата между Польшей и Ватиканом. Этот конкордат уравнял в правах греко-католическую церковь с римской и освободил ее от налогов.

Рим добился права исключительного выбора и утверждения в должности епископов. Вместе с тем государство могло выставлять доказательства противоправной деятельности кандидатов в епископы. Епископы получали право свободного назначения настоятелей. Были воссозданы украинские школы и гимназии. Одновременно правительство установило т.н. "сокальский кордон" против греко-католиков, т.е. не разрешило создавать греко-католические епархии и приходы вне пределов Галиции. Для того чтобы не восстанавливать унию в Холмщине правительство добилось упразднения в противовес римско-католической кафедры в Станиславове. Власти через посла в Ватикане требовали не допускать до рукоположения в епископы тех, кого они считали украинскими националистами (среди них был ректор Львовской семинарии о. Иосиф Слипый).

Лемковщина была канонически отделена от Галицкой митрополии. Власти требовали, чтобы там произносились проповеди только по-польски. Туда был послан визитировать приходы викарный епископ Перемышльской епархии, который призвал добавить в жизнь католического духа и перестать упоминать слово "православный" в богослужении. Еще ранее в Перемышльской епархии была установлена практика обязательного целибата для духовенства. Избирательные собрания на Лемковщине выдвинули национальные лозунги за возрождение народа против полонизации. В результате несколько приходов на Лемковщине ушло в Польскую автокефальную православную церковь.

Одновременно греко-католический митрополичий ординариат во Львове получил множество прошений от духовенства и мирян Волыни с просьбой принять в лоно греко-католической церкви.

Польские церковные писатели призывали униатское духовенство к единообразию с латинской церковью. Предлагали, например, убрать из византийской литургии молитву призывания Святого Духа (эпиклезис), по причине отсутствия оной в римской мессе. Это вызвало протесты львовских униатских священников, среди которых был референт митрополичьего ординариата о. д-р Гавриил Костельник, который опубликовал книжку в защиту целостности восточной литургии. Кроме того, он выступил в прессе с критикой ошибок унии и призвал обновить византийский обряд в митрополии. Настоятель Преображенской церкви о. Владимир Домет-Садовский энергично выступал против латинизации.

Лишь в 1930 году после неоднократных обращений Шептицкого Апостольский престол добился разрешения от правительства Речи Посполитой назначить епископа Николая Чарнецкого для духовного окормления греко-католиков в восточных провинциях Польши.

В 1929 году в Львове была учреждена Богословская академия на базе Семинарии, до войны она выпустила около 500 ученых мужей, издала 22 тома трудов. Одним из наиболее заметных преподавателей академии стал о. д-р Костельник, читавший лекции по философии, литературе и психологии. Десятилетие спустя митрополит основал Украинский католический институт церковного единства имени митрополита Рутского.

В конце 20-х годов в ответ на партизанскую войну сторонников независимости Украины правительство Речи Посполитой ввело политику "пацификации" (умиротворения): войска, борясь с повстанцами, прочесывали местность, выселяли украинцев из сел в западные районы страны, закрывали православные храмы или отдавали их римо-католикам. Многие церкви когда то были костелами, отобранными в XIX веке царскими властями во время подавления двух польских восстаний. С точки зрения Польши, "пацификация" исправляла историческую несправедливость. Митрополит Шептицкий не одобрял участия своих священников в Организации украинских националистов и осуждал террористическую деятельность против представителей государственной власти.

В апреле 1931 года владыка Андрей осудил обрядовые ошибки унии и латинские заимствования в Галицкой провинции: коленопреклонение священников во время литургии, разрешение грехов по-латыни, крестное знамение пятью пальцами, не использование копия, не моление перед иконостасом. То что происходило в некоторых греко-католических приходах он назвал карикатурой на византийский обряд. "Когда же против византинизма, его широких рукавов и бороды пойдем борьбой таким же самым византинизмом узких рукавов и бритой бороды ,- то едва ли когда его убедим в истинности католического учения" - писал митрополит Андрей.

Взгляды Шептицкого не всегда находили поддержку у других правящих епископов митрополии. В соседних епархиях: Перемышльской и Станиславовской существовал обязательный целибат духовенства, что нарушало условия Брестской унии. В начале 30-х годов Станиславовская епархия перешла на григорианский календарь.

В результате обвинений в схизматической пропаганде со стороны польских духовных особ в 1931 году о. д-р Костельник был отозван с преподавания в Богословской академии, а ранее был вынужден уйти в отставку с поста главного редактора церковно-общественного издания "Нива". Благодаря заступничеству митрополита Шептицкого о. Костельник устроился законоучителем в львовские гимназии, продолжая заниматься активной литературной деятельностью.

Весной 1933 года митрополит призвал к организации помощи потерпевшим от голодомора на Украине, участвовал в коллективном обращении украинского епископата к мировой общественности.

В 1936 году митрополит Шептицкий созвал во Львове униональной съезд, посвященный 300-летию со дня смерти митрополита Рутского. Выступивший о. Костельник, обвинил унию в денационализации украинского народа в пользу польского соседа.

В 1938 году началась новая волна гонений на украинство. Парализованного митрополита Шептицкого в прессе называли вдохновителем терроризма, о соборе Святого Юра говорили как о рассаднике антигосударственной пропаганды и осином гнезде украинского национализма. Как сообщил митрополиту василианин о. Иосафат Федорык, польские военные постановили превратить Холмщину в укрепленный район, населенный польским населением с целью отразить готовящее военное вторжение Советского Союза. Сейм одобрил постановление о переходе к государству прав на имущество бывшей униатской церкви, ликвидированной Николаем I и Александром II. В народе говорили, что Папа продал церкви полякам. В Холмщине всем украинским духовным особам власти указали говорить по-польски не только в проповедях, но и вне храма. Православная церковь стала переходить на польский даже в богослужениях.

24 января 1938 года митрополит Шептицкий писал Нунцию Кортези об эйфории в прессе об успехах обращения восточных схизматиков в истинную веру и превращения оных в польских патриотов. Митрополит утверждал, что это духовное насилие, сопровождаемое конфискацией православной прессы, нанесло колоссальный удар по авторитету Рима. С целью довести до польского духовенства подлинный смысл происходящих событий он написал письмо своему знакомому латинскому священнику, где осудил "николаевские" методов польского правительства, которое нанесло самый тяжелый удар по Унии за всю историю ее существования. От имени греко-католической церкви он заявил, что не претендует на имущество, перешедшее к православным после ликвидации унии.

"Потрясающие события последних месяцев на Холмщине вынуждают меня публично встать в оборону преследуемых наших братьев, несоединенных православных христиан Волыни, Холмщины, Подляшья и Полесья, и призвать Вас к молитве за них и к делам покаяния, чтобы вымолить с неба Божие милосердие" - говорилось в митрополичьем послании 2 августа 1938 года, которое было конфисковано властями. 6 Августа в очередном послании "О преследованиях на Холмщине" он призвал гонимых хранить православную веру и свой обряд. Послание распространялось подпольно через активистов Организации украинских националистов.

Православный варшавский митрополит Дионисий Валединский (активный борец с унией во время I Мировой войны) сердечно благодарил Шептицкого за заступничество. В своем ответе митрополит Андрей назвал Дионисия своим братом во Христе.