Уния продолжала сохраняться только в Холмской епархии, подчиненной непосредственно апостольскому престолу. Она была обречена, ибо Синод не допускал до церковных должностей верных Риму людей.

Во время подавления польского восстания 1863 года военные власти заняли в Хомском крае все василианские монастыри. По подозрению в сочувствии восстанию монахов изгнали из монастырей. Их имущество конфисковали.

Через австро-российскую границу в Галицию переходили изгнанные монахи-василиане, а в Холмщину - галицкие москвофилы, искатели мест. Их, с разрешения Синода, после ускоренного курса духовного училища назначали на вакантные приходы Холмской епархии.

Среди них был Маркел Онуфриевич Попель (1825 - 1903). За свои симпатии к России Синод пригласил его занять должность администратора Холмской униатской епархии. Он убедил многих священников галичан перейти в юрисдикцию Синода. Священники в консистории давали подписку о переходе в синодальное православие и обязывались служить по московскому обряду. Верных Риму священников Попель запрещал в священнослужении. Узнав об этом, миряне из церковных братств отказывались пускать подписавших православие священников в храм. Для успокоения правительство послало войска.

В конце 1873 года настоятель храма в Пратулине о. Иосиф Курманович, боясь ареста за неподписание православия, отслужил Рождественскую литургию и ушел через границу в Галицию. Перед уходом он сказал своим прихожанам, что скоро власти запретят унию.

17 января 1874 года в местечке Дрелове рота солдат во главе с майором Котовым расстреляла возле униатской церкви 13 человек и 200 ранила за отказ отдать ключи от храма подписавшему православие настоятелю. Оставшихся в живых перепороли ногайками.

В Пратулин Маркелл Попель отправил подписавшего галичанина о. Урбана. Прихожане отказались отдать ему ключи. О. Урбан пожаловался в полицию. В Пратулин приехал полицейский исправник Кутанин, который увещевал селян покориться воле государя, освободившему холмских украинцев от польских панов. 26 января в Пратулин вошло подразделение солдат во главе с полковником Штейном, которое попыталось разогнать собравшихся возле храма. Во время штурма был отдан приказ открыть огонь. Застрелили 13 человек. Кровь погибших и раненых смыли и храм переосвятили, но люди туда уже не ходили. Среди поляков римо-католиков убитые униаты стали почитаться мучениками за верность Римскому престолу. Протесты французского консула барона Фино вынудили власти действовать мягче.

В 1874 году из Галиции в Холмщину, по призыву москвофильской газеты "Слово", выходившей в Львове, перешло одновременно около 200 человек, чтобы сделаться православными священниками.

11 мая 1875 года высочайше было провозглашено воссоединение холмских униатов с синодальной церковью. В села вновь вошли войска, на фоне которых чиновники и духовенство зачитывали императорский указ.

Монашествующим разрешили вкушать мясо. Приходским священникам назначили содержание до 100 рублей в месяц (жалование среднего чиновника). Церкви в селах опустели. Часть из них пришлось закрыть. Граница с Австро-Венгрией практически не охранялась, и "упорствующие" стали ходить на службы в Галицию. Оттуда по ночам приходили униатские священники и совершали требы. Среди них был иезуит о. Яцковский, проведший за это 18 месяцев в российской тюрьме.

В 1882 году для борьбы с наследием унии было создано Холмское православное братство, носившее москвофильскую, антипольскую направленность. Оно воспитывало более любовь к государству российскому, чем к православию.

Кардинал Винченцо Ванутелли рассказывал в Риме, что при его возвращении из Москвы с коронации императора, толпы "упорствующих униатов" Холмской епархии, узнав о проезде папского посланца, сбегались к пути следования поезда, взывали к нему о помощи, вставали на колени и просили благословения.