После смерти верного Риму митрополита Иосафата Булгака, епископ Иосиф Семашко сообщил правительству, что часть подчиненного ему духовенства отказывается выполнять распоряжения Синода, ведущие к соединению с государственным исповеданием.

26 января 1839 г. Секретный комитет по униатским делам перешел к решительным административным действиям. В униатские села были посланы войска. Священников вызывали в консистории и собирали подписки о согласии перехода в православие с условием единовременного денежного пособия и сохранения униатских обрядов и обычаев. Комитет обратился к правительству с просьбой взять на казенное содержание все присоединившиеся приходы и духовенство.

12 февраля 1839 Неделю торжества Православия в Полоцке собрался собор во главе с тремя униатскими архиереями: Иосифом Семашко, Антонием Зубко и Василием Лужинским. Слушали выступавших владык, которые говорили о необходимости присоединиться к матери - Российской церкви. Это необходимо, ибо белорусы являются частью русского народа. Истинность Восточной церкви была обоснована географически: истина на Востоке; Восточная церковь восточнее Рима, следовательно, ближе к истине. Была провозглашена протестантская экклезиологическая формула: "Только Христос - Пастырь". Постановили признать присоединение белорусских епархий к православно-восточной церкви (возглавляемой Святейшим Синодом) и обратиться к императору принять. Были приложены подписи 1305 человек белого духовенства и монашествующих о согласии на присоединение к православию. Император Николай I их радостно принял и выбил медаль, на которой было написано, что отторгнутые силой были присоединены любовью. Одновременно на высочайшее имя обращение 111 священников западных епархий на высочайшее имя с просьбой сохранить унию и разрешить использование униатских служебников. Они предлагали напечатать книги за свой счет. Архиереи запретили их в священнослужении и перевели на должности пономарей. Наиболее упорствующих в унии выслали в Сибирь административным порядком.

Вместо католического праздника Пресвятой Евхаристии (Божьего Тела) архиепископ Василий Лужицкий ввел памятный день воссоединения униатов с православием. Литовская духовная консистории постановила изъять все униатские книги из употребления. В течение двух десятилетий по инициативе Иосифа Семашко было сожжено около 2 тысяч томов.

Взамен в 1840 Семашко издал сборник образцовых проповедей по-русски для священников западных епархий, которые должны были пересказываться их по-белорусски, адаптируясь к российской церковной терминологии. В 1841 г. Семашко отправился за милостыней с крестом Ефросинии Полоцкой. В Москве и Петербурге он собрал значительные средства для обновления униатских храмов.

В 1842 году по указанию духовной цензуры была сожжена диссертация начинающего историка Н.И. Костомаров "О значении унии в западной России", который увидел в унии некоторые положительные черты.

В 1843 году переименовывали воспитанников Виленской семинарии, чьи имена не соответствовали синодальному календарю. В 50-60-х годах во время ревизии приходов часто находили униатские молитвенники. Перешедшие в государственное православие священники продолжали совершать некоторые специфические униатские богослужения и поминать папу, о чем некоторые бдительные прихожане сообщали в духовные консистории. Народ продолжал петь на униатский манер духовные песни, сложенные василианами.

В 1863 году во время подавления польского восстания, военные власти устраивали обыски во многих костелах. Если в них находили униатские ризы и утварь, сданную на хранение священниками перед ликвидацией унии, то писался рапорт о возможности обращения оных в православные церкви. Латинские священники были вынуждены уничтожать хранившиеся у них вещи униатов.

В 1865 году гродненский генерал-губернатор Кауфман распорядился передать реквизированное имущество из униатских храмов (скульптуры, сосуды, иконы и книги) в Виленскую духовную консисторию, но митрополит Иосиф Семашко велел все это сжечь под присмотром благочинных.