Во времена Алексадра I управление униатскими приходами перешло из рук митрополита и епископов к аудиторам Греко-униатской коллегии, куда правительство назначало послушных себе людей, среди которых выделялся молодой неженатый священник из Луцка Иосиф Семашко (1798-1868).

По неизвестным причинам Семашко ненавидел монахов-василиан. Он советовал правительству парализовать их деятельность и изолировать от прихожан. После того, как Семашко приобрел руководящую роль в коллегии, он энергично выступил за полное упразднение василианских монастырей. Он полагал, что унию можно безболезненно отменить, а верующих присоединить к государственному исповеданию, если русифицировать белорусский церковный обряд. Тогда простые верующие перестанут ориентироваться в конфессиональной принадлежности храмов и незаметно для себя станут русскими православными. После воцарения Николая, Иосиф Семашко составил особую записку о воссоединении униатов, которая была одобрена государем. Семашко предложил создать отдельную греко-униатской коллегию, вне влияния римско-католической коллегии, которая бы "обновила" греческий (московский) обряд и руководствовалась бы греческими канонами, которые применяло бы творчески. Из-за того, что во главе униатской митрополии стоял верный папе Иосафат Булгак, Семашко предложил упразднить митрополичью кафедру и оставить лишь две епархии, куда продвинуть священнослужителей, верных государству; заменить капитулы при епископах консисториями, которые бы действовали независимо от епископов, подчиняясь только Петербургу; создать низовые административные органы в епархиях в противовес епископам, разрешить сыновьям благонадежного униатского духовенства поступать на государственную службу, запретить связь униатских семинарий с латинскими; способствовать переходу из унии в православие, а из православия в унию запретить. Аргументация Семашко в пользу уничтожения унии была скорее политической, чем религиозной. Он считал, что уния ведет к медленному переходу белорусов в польскую национальность. Он полагал, что ликвидация унии этот процесс остановит.

Государь своим указом благословил предложения Семашко. Были опечатаны частные часовни в поместьях польского шляхетства, чтобы там не служили гонимые униатские священники. Недовольным притеснениями василианам разрешили уйти в латинские ордена. Их имущество передавалось белому духовенству, которое его с благодарностью принимало. Семашко полагался на женатых сельских пастырей, которых он хотел безболезненно перевести в государственное православие с дарованием твердых должностных окладов (хрустальная мечта всего российского белого духовенства).

Постепенно были закрыты все василианские школы для мирян, где преподавался белорусский язык, "униатское наречие", что подорвало самобытную культуру Белой Руси.

В 1829 г. Семашко по указанию Синода был посвящен митрополитом Иосафатом Булгаком в сан епископа Мстиславского. В следующем году Семашко устроил ревизию униатским епархиям. Ревизоры следили, чтобы богослужение совершалось по московским служебникам; требовали, чтобы из храмов вынесли органы и построили хотя бы перегородки из досок вместо иконостасов.

28 февраля 1831 член Государственного совета князь Александр Голицын, начальник департамента иностранных исповеданий граф Блудов и министр юстиции Дашков доложили государю о ходе упразднения унии. Николай по их докладу запретил устраивать латинские храмы и часовни, там, где преобладает униатское население и возобновлять кресты в память миссий. В июле 1831года Иосиф Семашко продал орган из Жировицкого кафедрального собора.

Во время Польского восстания 1832 года русские войска заняли василианский Почаевский монастырь в целях поиска оружия, выдворили оттуда монахов, а монастырь передали Святейшему Синоду.

Семашко часто переводил подчиненных ему василиан из одного монастыря в другой, а непокорных сажал в церковную тюрьму. Вместе с тем он часто критиковал чересчур активные полицейские методы, отпугивавшие униатов. Священников стали вызывать в духовные консистории, на предмет перехода в государственное православие. Одни отказывались, другие ставили условием перехода не отпускать бороду, стричь волосы и носить сутаны. В Белой Руси облик бородатого и волосатого русского батюшки в рясе был предметом насмешек.

17 февраля 1832 по государеву указу была упразднена должность протоигумена провинции василиан и закрыт новициат. Протоигумен литовской провинции ЧСВВ пытался спасти положение и предложил подчинить василиан Святейшему Синоду, но Семашко не разрешил. Все униатские семинарии закрыли, а их питомцев перевели в православные учебные заведения; латинским священникам запретили совершать таинства над униатами и вообще вскоре запретили вместе молиться.

В начале 1833 года Полоцкий православный епископ Смарагд Крыжановский критиковал слишком медленный ход присоединения по плану Семашко. Перейдя к действиям, он с помощью униатского благочинного и полиции присоединил в Полоцке 500 душ к правоверию. Смарагд привез из российских епархий хор и прислужников. В посланиях к губернатору он просил конфисковать для апостольских целей имущество католической церкви и даже приглянувшийся ему дом одного польского помещика.

В августе 1833 года Смарагд совершил миссионерскую поездку по городам и весям Полоцкой епархии и присоединил еще несколько тысяч душ. Всем присоединившимся из унии священникам он положил твердые государственные оклады (будучи униатами, священники жили на стипендии польских помещиков). Смарагд неустанно требовал от правительства крупных ассигнований для поощрения присоединившихся и найма в российских и украинских епархиях охотников до священнослужения.

"При обращении униатов и униатских церквей необходимы деньги" - писал неутомимый архипастырь. Он выдавал вознаграждение приходу за присоединение и ставил его на казенное содержание. Бывали и злоупотребления, когда два польских помещика предложили ему присоединить своих крестьян к православию для того, чтобы собрать с них недоимки. Для утверждения веры в присоединившихся селах на постое стояли войска.

Вскоре владыка столкнулся с нарастающим сопротивлением униатских священников, которые проповедовали против схизмы (синодального православия) в храмах и на улицах. Поступали множество жалоб на насилие и спаивание народа во время массовых обращений. В Полоцке на базаре произошла драка православных с униатами, последние назывались обратившихся в православие "перевертнями", а те их "безмозглыми поляками". Обычно многие верующие переставали ходить в церкви после устроения в ней иконостаса и уходили в костелы.

7 февраля 1834 года Греко-униатская коллегия очередной раз постановила обновить храмы в восточном духе, приобрести книги московской печати по умеренным расценкам, устранить заимствования из латинской духовности и отменить все обряды не согласные с обрядами Российской православной греко-кафолической восточной церкви. Было предписано называть младенцем только по московским святцам. Полиции вменялось в обязанность проверять, чтобы в униатских храмах священник отправлял богослужения только по московскому служебнику.

В 1834 года в епископа Брестского был посвящен единомышленник Семашко полоцкий безженный священник Антоний Зубко. Вскоре к ним присоединился третий целибат - Василий Лужинский из Орши. Все три униатских епископа за исключением верного Риму митрополита Иосафата Булгака были согласны отречься от кафолической церкви.

В 1835 году епископа Иосиф Семашко очередной раз распорядился в своей епархии во всех храмах построить иконостасы, не вставлять в них образы Св. Сердца Иисуса и Св. Иосафата, убрать статуи, скамейки и звонки. Работы выполнялись приглашенными на казенный счет мастерами из великороссийских губерний. Так как денег как обычно не хватало, возводили перегородки из струганных досок, куда вешали несколько икон. Надпись на иконе Св. Иосафата переправляли на "Св. Иоанн" или иную. Священники отказывались строить перегородку, ссылаясь на бедность. Синод принуждал местных помещиков римо-католиков давать деньги на иконостасы.

Не дожидаясь изъятия, многие униатские священники сдавали на хранение униатские образа и утварь собратьям латинского обряда в костелы.

В начале 1835 года Смарагд Полоцкий в очередной раз пожаловался на ошибочность методов Иосифа Семашко по ликвидации унии. Он писал, что, несмотря на обрядовое сближение, в полоцких униатах так и не появилось стремления к воссоединению с государственной церковью. Процесс перехода приостановился. Несмотря на то, что в витебских униатских храмах всегда были иконостасы и служили по-восточному, именно там верующие упорствуют в унии и не хотят в государственную церковь. Смарагд утверждал, что полицейские методы - самые надежные. Только с помощью чиновников и полицейских можно обратить массы в правую веру.

Сохранилось множество описаний того, как в деревню входила рота солдат во главе с консисторским чиновником и батюшкой. Чиновник зачитывал указ о присоединении, батюшка произносил проповедь на церковно-славянском языке о превосходстве греко-российского православного исповедания над ересью папизма. В конце он говорил: "А теперь кто к истинной вере встаньте от меня по правую руку, а кто упорствует по левую". Справа стояла подвода с бочонком водки, а слева рота солдат с розгами. Народ обычно выбирал правую сторону.

Вскоре Смарагда убрали в другую епархию и правящим архиереем в Полоцк назначили более осторожного Исидора (Никольского), который предложил совершать совместные православно-униатские богослужения, чтобы поразить воображение униатов благолепием московского обряда. Вместе с тем, он тайно просил помочь в суде одной польской помещице, которая в случае успеха обещала ему перевести своих крестьян в православие.

В 1835 г. высочайшим повелением был создан очередной секретный комитет по очистке униатского обряда в составе московского митрополита Филарета Дроздова, греко-католического митрополита Иосафата Булгака, министра внутренних дел Блудова, который потребовал продать все органы, либо разобрать их на запчасти.

Прихожане сопротивлялись этим решениям. В Речицкой церкви Пинского повета Минской губернии крестьяне разобрали не орган, а создаваемый иконостас. Туда приезжали чиновники с полицией, которые увещевали их покориться государевой воле. В результате убеждения и принуждения 238 душ из 600 присоединились к православию, остальные остались верны унии.

В январе 1837 г. униатская церковь была подчинена ведению обер-прокурора Святейшего Синода, что фактически поставило ее в положение схизматической от Рима организации.

В октябрь 1837 года епископ Иосиф Семашко отметил притупление давнего антагонизма между польскими помещиками и белорусскими священниками. Помещики увеличивали содержание униатскому духовенству, заботились об их нуждах, ходатайствовали перед епископами за провинившихся священников, чего раньше не бывало. Они даже предлагали деньги на переиздание униатских служебников почаевской печати. Помещики оценили униатское духовенство на фоне пришлых пастырей из российских епархий, в которых они видели тайных осведомителей полиции. Селяне их боялись. На казенных окладах при дешевом вине батюшки миссионеры медленно спивались. Чиновники отмечали, что православное духовенство не в состоянии тягаться с униатским и неспособно самостоятельно духовно обратить верующих. Оно требовало от украинцев и белорусов знание молитв только на великороссийском диалекте, в противном случае отказывали в совершении треб.

Штаб-офицер корпуса жандармов А. Куцинский пожаловался на то, что православные миссионеры обольщают униатов именем монарха, льготами и вином, а в случае неудач пишут доносы, где обвиняют местное униатское духовенство помещиков в неблагонадежности. Чтобы избежать наказания за антигосударственную деятельность крестьяне вынуждены принимать православие, и помещик к этому принуждает. Из-за этого местное население недовольно государем и сочувствует польской национальной идее. Куцинский предложил запретить насильственные действия со стороны синодальных чиновников и повысить государственное пособие православным священникам.

В декабре 1837 года владыка Исидор заметил, что униаты уходят из церквей с иконостасами в римско-католические костелы и часовни. Прихожане с. Крывичи Вилейского повета целиком перешли в латинство, привлеченные органом и латинским пением, которое более отвечало их духовности. Доминиканцы активно проповедовали и приглашали униатов приписаться к латинским приходам в ожидании запрета унии.

Чтобы посмотреть, как идет подготовка к упразднению унии, полоцкий униатский епископ Василий Лужинский отправился визитировать свою епархию. К своему ужасу ни в одной из посещенных им церквей он не обрел московских служебников. Народ встречал Лужинского мрачно. Благочинный о. Квятковский в присутствии прихожан бросил московский служебник на землю, за что епископ Василий его наказал. Остальные священники всячески медлили с возведением иконостасов, ибо народу это не нравилось. Люди требовали, чтобы на службах играли на органе.

Священник Антоний Сомович демонстративно не брал денег от помещика на строительство иконостаса, служил по-униатски, распространял слухи, что иконостас - затея губернатора, а не епископа, за что Лужинский наказал и снял его с должности.

В Литовской епархии Иосиф Семашко опросил василиан на предмет перехода в Московскую церковь: 62 монаха согласились, 95 отказались. В белорусской епархии 17 василиан согласилось, 77 оказались. Отказавшихся разослали по монастырским тюрьмам за непослушание епархиальному архиерею. Некоторые бежали в Австрийскую Галицию.

В 1838 году за осуждение полицейских мер обращения в православие, приводивших к крестьянским бунтам, в отставку ушел Витебский губернатора И.С. Жиркевич.