В 1653 году на Земском соборе в Москве говорилось о преследованиях "папежниками" православных в Речи Посполитой. В следующем году в земли Литовского княжества вошли московские войска для защиты православной веры. Царь Алексей Михайлович послал грамоту православным шляхтичам Белой Руси переходить на его сторону и воевать против "супостатов Божиих" (католиков), обещая сохранить шляхетские привелегии и права. Из Смоленска, Полоцка, Вильно, Гродно московские воеводы изгнали все униатское духовенство. Латинские и униатские храмы передавались православным. На землях к востоку от Березины православным было передано большинство костелов. Служение оставшихся ксендзов проходило под надзором московских церковных властей. Патриарх Никон послал в завоеванные земли своих наместников.

В Литве московские воеводы насмерть замучили 40 василиан: Никодима Козицкого, Лаврентия Коселева, Рафаила Трушевича и других упорствовавших в верности Риму. Въехав в Вильно, царь Алексей Михайлович изгнал василиан из духовного центра унии - Свято-Троицкого монастыря. Монахи спешно покинули его, забрав утварь, архив и Остробрамскую икону Божьей матери. Почитаемые мощи Виленских мучеников Антония. Иоанна, Евстахия (XIV в.) они перезахоронили в монастырском саду. Их вскоре откопали православные братчики и перенесли в алтарный склеп своего храма Святого Духа.

13 июля 1656 г. на переосвящении отнятого у униатов Полоцкого Софийского собора присутствовал сам царь Алексей Михайлович. В Вильно он потребовал передать православной церкви половину костелов в городе, в том числе и костел в королевском замке.

В Литве в единстве с Римом остался лишь один Супрасльский монастырь, где был похоронен спасавшийся от московских войск митрополит Антоний Селява. Церковь осталась без первоиерарха. Из Смоленска был изгнан униатский архиепископ Андрей Золотой-Квашнин, который вскоре ненадолго возглавил вакантную Пинскую кафедру, откуда в свою очередь был изгнан налетевшими казаками Хмельницкого. В Пинске около 200 приходских священников и шляхтичей римо-католиков, желавших сохранить свои места, были вынуждены участвовать в чине отречения от католической веры.

У униатов осталась только одна Холмская епархия во главе с епископом Яковом Сушей, куда уходили гонимые за верность Риму священники, монахи и миряне.

Из монастырской усыпальницы виленского Свято-Троицкого монастыря были похищены тела митрополита Иосифа Рутского и московского патриарха Игнатия (самые богатые захоронения). Позже василиане подали в суд на братство Святого Духа за осквернение и ограбление могил. Братчики же ответили, что останки иерархов увезло московское войско. В Москве останки не появились, судьба их неизвестна.

Достигнутая 3 ноября 1657 г. предварительная договоренность об избрании царя Алексея Михайловича на польский трон означала вообще ликвидацию униатской церкви. Позже войскам Речи Посполитой удалось вернуть часть завоеванных Москвой земель.