На Пасху 1648 года король выступил в Вильно перед православным духовенством и шляхтой с призывом присоединиться к Католической церкви, что будет способствовать миру и благоденствию всех граждан Речи Посполитой. На 15 июля был назначен воссоединительный съезд с участием шляхты.

В то же время в Запорожскую Сечь приехал православный дворянин Зиновий Богдан Хмельницкий, выпускник иезуитской коллегии, участник нескольких боевых походов против турок и Москвы. Он рассказал о том, что польский шляхтич Чаплинский увез у него сожительницу и смертельно избил сына. Казаки решили наказать вообще всех неправославных и бросили клич "Бей католиков, евреев и униатов". Их поддержали селяне, желавшие освободиться от панщины. Быстро вспыхнуло восстание, прокатившееся огненным колесом по Украине. Попавшее в руки латинское духовенство и шляхетство повстанцы убивали сразу или требовали под страхом смерти переходить в "давнюю греческую веру" и клясться на верность Константинопольскому патриарху. Простых верующих униатов не трогали, расправлялись лишь с василианами и белым духовенством, верным Риму. Погибло более 100 униатских священников и монахов.

Киевский митрополит шляхтич Сильвестр Коссов был противником восстания и бежал из Киева при приближении казаков. Турецкий поданный митрополит коринфский Иоасаф, приехавший из Греции, побуждал Хмельницкого продолжать войну и препоясал его мечем, освященным на гробе Господнем в Иерусалиме. Патриарх из Стамбула прислал грамоту, одобрявшую войну против врагов правой веры. Афонские монахи, ходившие по Украине, проповедовали за восстание. Митрополит Сильвестр вскоре был взят под стражу казаками по подозрению в измене православию.

После смерти в мае 1648 года короля Владислава IV , Хмельницкий отправил посольство в Варшаву с требованием передать все униатские храмы и монастыри православным. Позже в письме к новому королю Яну Казимиру он требовал: "Чтобы наша греческая вера осталась неприкосновенной, как раньше, без унии и униатов, и чтобы нигде никакой унии не было". В результате восстания какие-либо переговоры между православными и униатами стали невозможны.

Бесстрашный игумен Афанасий Филипович с началом казачьей войны открыто хулил унию и тех, кто ей покровительствовал. Брестские городские власти заключили его в темницу, подозревая, что он посылает казакам воззвания. 5 сентября 1648 года он был замучен палачами за проклятия в адрес короля. Позже игумена Афанасия русские церковные власти объявили противоуниатским мучеником.

В 1649 году между Хмельницким и королем был заключен примирительный Зборовский договор, один из пунктов которого содержал пожелание об упразднении унии. Позже воевода Адам Кисель, ревнитель соединения церквей, уговорил воинственного гетмана не настаивать на ликвидации униатской церкви, а лишь просить передать церковное имущество православной иерархии.

По ратификации Зборовского договора, православный митрополит и два епископа получили места в Сенате, а все имущество на левом берегу Днепра было отобрано у униатов. Удалось отстоять по заступничеству Папского престола только право на существовании унии на Правобережье.

Администратор вакантного Холмского епископства василианин Яков Суша забрал всю церковную утварь из кафедрального собора, призывал мирян и духовенство стоять в кафолической вере и не повиноваться схизматическому (православному) епископу. Вскоре православная шляхта выгнала Сушу из дома, а на Холмскую кафедру взошел православный епископ Дионисий из семьи Балабанов. Перемышльскую кафедру занял православный владыка Антоний Винницкий, посадив в тюрьму униатского епископа Афанасия Крупецкого. Позже Суше удалось вернуться на свою кафедру по суду, а Крупецкого освободили из заключения правительственные войска.

В дальнейших переговорах короля с гетманом Хмельницким участвовало московское посольство боярина Репнина, которое говорило о жалобах, поступивших царю о преследованиях православных в Речи Посполитой. В Варшаве же утверждали о добровольности перехода русинских епископов в унию

Москвичи приводили в пример, то, что в Минске, по словам монахов, польские шляхтичи пускали стрелы в Петровский православный монастырь. Послы сами видели стрелы, засевшие в стенах. Однако, фактов, доказанных в судах Речи Посполитой не приводилось.

В 1654 году Хмельницкий на Переяславской раде провозгласил вхождение казацкой Украины в Московское царство. Митрополит Сильвестр Коссов встретил это решение без ликования, ибо царь Алексей Михайлович потребовал подчинить древнюю Киевскую митрополию Московскому патриарху, который уже усвоил себе титул "Патриарха : всея Великия, Малыя и Белыя Руси". Казаки протестовали против посягательств на независимость их иерархии. Позже царь Петр Алексеевич отправил искателей Киевской автономии рыть канал между Волгой и Доном.