В 1665 году Киевским униатским митрополитом был избран Гавриил Календа. По условиям Андрусовского мира 1667 года униатская церковь потеряла Смоленскую епархию, но получила взамен Полоцкую. Гавриил Коленда торжественно перенес в Полоцкий Софийский кафедральный собор мощи Св. Иосафата. Коленда разрешил василианам есть мясо по воскресеньям, вторникам и четвергам.

В 1669 году новый король Михаил Вишневецкий уравнял униатское духовенство в правах с латинским. На его коронации была совершена литургия по византийско-славянскому обряду в присутствии католических епископов обоих обрядов. Он дал место в сенате униатскому митрополиту, который, однако, там не заседал, чтобы не провоцировать православных. Вишневецкий и государственные мужи Речи Посполитой оценили лояльность униатской иерархии в противоположность православной, использовавшей казачество и Москву для упрочнения своих привилегий. На православных стали смотреть как на тайных агентов турок и москвитян.

В 1674 после смерти Гавриила Календы митрополитом был избран Киприан Жоховский, еще более упрочивший позиции униатской церкви в государстве.

Из-за сотрудничества с московскими войсками авторитет православных братств среди шляхты и горожан пошатнулся. Самовольное взятие под свой омофор левобережных епархий Московским патриархом лишило Киевскую православную церковь той автономии, за которую казаки долго воевали. В 1677 году верность престолу апостолов Петра и Павла тайно исповедал православный епископ Львовский Иосиф Шумлянский, после чего объехал большинство приходов своей епархии, где разъяснял духовенству и ктиторам необходимость союза с Римом. В 1679 году по его стопам последовал епископ Иннокентий Винницкий.

В 1680 году униатский митрополит Жоховский созвал собрание униатского и православного духовенства в Люблине на тему примирения. Нунций и московский посланник были против. Король повелел закрыть собрание сразу после открытия.

В 1691 году было решено о присоединении к Риму Перемышльской епархии на съезде духовенства и мирян в Самборе. Московский посланник в Варшаве безуспешно протестовал. В 1697 году волынская шляхта выдвинула Дмитрия Жабокрицкого кандидатом на епископа, он обратился к митрополиту Киевскому московской юрисдикции с просьбой о посвящении, но получил отказ из-за неопределенности его политической ориентации.Жабокрицкий обиделся и перешел в унию, убедив избравшую его шляхту последовать за ним.

В 1700 году епископ Иосиф Шумлянский возвестил о присоединении Львовской епархии к Римскому престолу. Спустя два года после присоединение Луцкой епархии во главе с владыкой Дмитрием Жабокрицкий, независимое от Рима православие в Речи Посполитой канонически прекратилось. Оставались несколько монастырей и братств, живших на пожертвования из России.