Из Бреста воссоединившиеся владыки отправились по своим епархиям, чтобы огласить итоги собора. Сторонники князя Острожского рассылали грамоты о предательстве митрополита и владык, которые тайно приняли "польскую" веру и собираются сдать свои епархии латинским бискупам. Виленское Свято-Троицкое братство после Бреста перестало считать Михаила Рагозу своим митрополитом, хотя белое духовенство осталось ему верным. В Слуцке толпа пасомых чуть не побила его камнями.

Архимандрит Киево-Печерской лавры Никифор Тур отказался содержать Рагозу за счет монастыря, как было решено ранее в Бресте, и перешел к противникам унии. Король потребовал от Киевского воеводы князя Острожского отстранить Тура от архимандрии, но Острожский, наоборот, морально и материально поддержал последнего.

Рагоза попытался с помощью верных ему шляхтичей захватить имущество лавры в Литве, но Никифор Тур послал туда отряд своих людей, отвоевавших земли и недвижимость назад. Митрополит Михаил смирился.

В 1597 году в Сейме дворянство "старой греческой веры" обвинило воссоединенных владык в нарушении своих исторических прав и привилегий и потребовало от короля сместить их с кафедр. Шляхтичи, содержавшие храмы, велели своим подчиненным священникам не слушаться подписавших унию епископов. В ответ владыки отнимали у них антиминсы. В суды посыпались жалобы от шляхтичей в хищении принадлежащего им имущества.

Владыки созывали епархиальные соборчики, где объясняли духовенству смысл произошедшего соединения, предлагая подписать грамоту о верности папе, на что решались далеко не все, полагая, что это означает переход в "польскую" религию. Епископ Ипатий Потий постановил в дальнейшем рукополагать только тех кандидатов, которые произнесут католическое вероисповедание и присягу на верность Римскому престолу. После очередного бунта Свято-Николаевского братства, Потий распустил его своим декретом, а братскую школу передал под руководство ученого священника о. Петра Аркудия.

4 августа 1597 года Александрийский патриарх Мелетий Пигас назначил Львовского епископа Гедеона Балабана экзархом Киевской митрополии. Балабан разъезжал по митрополии под охраной отряда Острожского и рукополагал с подачи шляхтичей кандидатов на пустовавшие приходы. У своего давнего противника Кирилла Терлецкого Балабан экспроприировал Жидычинскую архимандрию с имуществом и доходами. Король ожидал, что Гедеон Балабан и Михаил Копыстенский еще покаются и придут к унии, поэтому их не беспокоил.

В 1598 году владыка Потий убедил большинство шляхетских семей Бреста присоединиться к Риму. В следующем году после смерти митрополита Рогозы, его земли и имущество последнего забрала православная шляхта в наказание за измену "давней греческой вере".

18 мая 1599 в Вильно собрались православные и протестантские дворяне, чтобы отстоять свои права на церковное имущество, не допустив его передачи тем, кто признал главенство папы. В киевской провинции они выбрали 120 провизоров для наблюдения за действиями иерархии и составления жалоб. В подписанном Акте конфедерации выражалось полное единомыслие православия и протестантизма в учении о церкви.

В суды стали часто поступать жалобы сомнительного характера. Например, про Потия писали, что он ранее обращался в иудаизм и что патриарх Иеремия вновь обратил его в христианство. Героем жалобных книг стал епископ Кирилл Терлецкий, постоянно обвинявшийся в насилии и непристойном поведении мещанами и дворянами тех мест, где он пытался восстановить свою власть над церковным имуществом.