В октябре Киевский митрополит Михаил Рагоза созвал поместный собор в Бресте для обсуждения договоренностей, подписанных в Риме. Заседания собора должны были состояться в церкви Св. Николая. Участники собора прибыли в Брест и поделились на две группы - сторонников и противников воссоединения.

Группа противников во главе с князем Острожским, вступившего в город с вооруженным отрядом и артиллерией, не пришла в Никольский храм, а собралась в доме протестанта пана Райского. На заседания собора присутствовали местные кальвинисты, поддерживавшие православных в борьбе с "папежниками". Оба собора провозгласили свою каноническую правосильность и объявили своих противников отступниками от исторической апостольской и отеческой веры.

Согласно канонам, только митрополит созывал поместные соборы, судил епископов, смещал их с престолов и управлял вакантными епархиями. На основании своих прав собравшиеся во главе с митрополитом судили и отлучили епископов Балабана и Копыстенского и иже с ними за отказ прибыть на собор. На основании грамоты, полученной от Патриарха Иеремии при посвящении в сан, митрополит Рагоза анафематствовал диакона Никифора и других приехавших с ним греков за вмешательство в дела митрополии.

В это же время иеродиакон Никифор предъявил собравшимся в доме пана Райского грамоту умершего за год до этого вышеупомянутого патриарха Иеремии II. В его правомочности присутствующие вначале сомневались, ибо не помнили случая, чтобы дьякон обладал правами назначать, смещать и судить епископов. Как было написано в грамоте, великий дьякон имел право "занимать первое место на всех Соборах в пределах Цареградского патриархата, иметь преимущество чести пред самими митрополитами и именем Вселенского патриарха решать на Соборах все вопросы, касающиеся веры и Церкви." Ранее Никифор был в Молдавии, где за политическую деятельность был посажен в тюрьму воеводой Иеремией Мовилой (отцом будущего митрополита Петра Могилы). Никифор как и прочие греки не знал славянского языка, поэтому собором руководил князь Острожский. Собравшиеся у пана Райского отлучили митрополита и 5 епископов за непослушание Константинопольскому патриарху. В момент отлучения константинопольский патриарший престол был вакантен, каноническое неправомочие диакона Никифора было очевидно для Рагозы и неочевидно для князя Острожского.

Брестские отцы в церкви Св. Николая 8 октября по старому стилю издали грамоту с девятью печатями о кафолическом единстве с Римской церковью на основе решений Ферраро-Флорентийского собора, которая до сих пор хранится в Архиве Ватикана. Киевский митрополит утвердил свои права почти до патриархальных.

После завершения заседания оба собора послали своих гонцов в Варшаву, чтобы заверить решения своих соборов декретами государственной власти. Король издал универсал, в котором подтвердил решения митрополичьего собора и обратился с известием о произошедшем воссоединении (унии) к народу Речи Посполитой. Присоединенных христиан стали называть по-польски "унитами", а церковь "унитскою". Сторонников Константинопольской юрисдикции именовали "дезунитами" (разъединенными).