В 1600 году Киевским митрополитом был избран Брестский епископ Ипатий Потий, известный церковный писатель в пользу унии.

Ему удалось выиграть дело в сеймовом суде по обвинению воссоединенной иерархии в нарушении прав шляхты. Он заявил, что церковь греческого закона издавна пользовалась привилегиями, которые были даны митрополии вскоре после подписания Флорентийской унии, т.е. тогда, когда существовало видимое общение с Римским престолом. Кроме того, уния является чисто церковным делом и сейм не имеет права судить ее участников. Король провозгласил униатских владык невиновными.

Вскоре после этого Потий отвоевал церковное имущество под Могилевом и передал его доходы на содержание семинарии. Воевода Острожский не пускал митрополита Потия в Киев. Митрополит подал в королевский суд. Король послал в Киев судебного исполнителя шляхтича Лаврентия Лозку для изъятия церковного имущества в пользу митрополита. Лозке удалось описать Софийский собор и Выдубецкий монастырь с двумя селами. Он договорился с выдвиженцем Острожского архимандритом Киево-Печерской лавры Елисеем Плетенецким о примирении и разделе доходов.

В Вильно проповедник Свято-Троицкого братства мирянин Стефан Зизаний призвал братчиков не подчиняться митрополиту Потию. Еще в 1595 году в Новогрудке собор епископов осудил Зизания, за книгу на польском языке с изложением протестантских взглядов. Под осуждением подписался и Гедеон Балабан, позже оправдавший Зизания. Потий закрыл храм за святотатство (проповедь еретика) и отобрал у братчиков монастырь. Священников Карпа Лазаровича и Григория Ждановича, рукоположенных Гедеоном Балабаном на его территории запретил в священнослужении. Светские власти предписали им покинуть город.

Братчики начали строить себе новую резиденцию при храме Св. Духа, в честь которого они переименовали себя в 1605 году в Братство Святого Духа.

В Слуцке Троицкая архимандрия перешла к Потию, монахи приняли его сторону, но белое духовенство упорствовало. Потий послал туда протопресвитера Афанасия Герасимовича, который побеседовал с местным духовенством и собрал с них подписи о верности митрополиту. "Помните, что я не Рагоза" - предупредил белое духовенство строгий архипастырь.

Вскоре к Потию перешел и Супрасльский Благовещенский монастырь с архимандритом Илларионом Масальским. Однако вскоре Илларион вместе с монахом того же монастыря Самуилом Синчило взбунтовался против митрополита, который их отлучил и выгнал из монастыря. Синчило покаялся и после трехлетней жизни в монастыре на хлебе и воде был посвящен Потием в иеромонахи и назначен наместником Виленского Свято-Троицкого монастыря. Масальский поскитался по разъединенным монастырям и опять вернулся к Потию на покаяние. Потий вернул его на архимандрию.

Когда виленский монастырь Св. Троицы, присоединился к Унии в нем был всего один монах. Вскоре туда постригся выпускник римской коллегии св. Афанасия Иоанн Вельямин Рутский с именем Иосиф, и другие молодые иноки, среди которых сын сапожника Иоанн Кунцевич.

В 1601 митрополит основал в Вильно первую духовную семинарию восточного обряда во главе с ректором о. Петром Аркудием. Деньги на помещение дал местный латинский епископ Бенедикт Война.

Близ Владимира-Волынского Потий запретил в священнослужении настоятеля храма Св. Василия о. Мартына Василевского за непослушание. Ктиторы храма дворяне Загоровские разрешили священнику служить далее. Узнав об этом Потий, послал к нему своего дьякона, который за рукав привел его в церковный суд. Прихожане ударили в набат и в отместку поймали митрополичьего слугу Исаака Долмацкого, побили и посадили в храм под замок. Митрополит вместе с вооруженной охраной отбил своего человека. Увидев, что он в крови, Потий забрал из храма антиминс, Св. Тайны и опечатал храм до нового освящения за пролитие крови.

В кафедральном соборе митрополит велел о. Василевскому облачиться в иерейские ризы и по требнику он совершил над ним чин извержения из сана, снимая с него по очереди все облачения, и, в конце концов, постриг его наголо, чтобы изгладить знак сана - выстриженное крестообразно гуменцо. После того как Потий его отпустил, священник вернулся в храм и продолжал служить под охраной Загоровских. Потий подал на них жалобу в суд. В ответ Загоровские обвинили его в вооруженном нападении, разбое и избиении православных.

Позже на Потия жаловались за совместительство Владимирского епископства и Киевской митрополии. Из-за постоянных просьб из Киева король передал доходы от Печерской архимандрии от Потия самому монастырю.

Потий обрел в одной из сельских церквей старую славянскую рукопись. В ней он обнаружил послание Киевского митрополита Мисаила к папе Сиксту IV, написанное в 1476 г. Он принес найденную рукопись в виленский магистрат, засвидетельствовал ее древность и опубликовал на славянском и польском языках, что привлекло сердца образованных шляхтичей к унии.

Митрополит ездил во Львов для проповеди и увещевания Гедеона Балабана, но братчики Успенского братства закрыли перед ним врата храмов. Потий пожаловался королю, доказывая свою власть над Львовской епархией, но напрасно.

После жалоб печерских монахов на архимандрита, король назначил киевского латинского епископа Христофора Казимирского ответственным за выбор нового архимандрита. Князь Острожский не допустил бискупа до лавры. Прошло двое параллельных выборов: в католических победил митрополит Потий, в православных - кандидат Острожского Елисей Плетенецкий.

Острожский отправил Плетенецкого к папскому нунцию с просьбой содействовать утверждению своего кандидата на архимандрию. Взамен обещал приступить к единству с Римской церковью. Нунций сказал, что сначала единство, а потом утверждение Плетенецкого. 3 апреля 1604 года папа Климент VIII написал письмо князю Острожского с призывом присоединиться к Божьей церкви. Острожский ответил, что попробует убедить в необходимости единения Константинопольского и Александрийского патриархов, с которыми у него доверительные отношения. Каменецкий кастелян Яков Претвич заверил папу, что если даже патриархи откажутся, Острожский все равно присоединится к Риму.

После того, как король с согласия Потия утвердил Плетенецкого на Печерскую архимандрию, князь Константин возобновил борьбу с унией и лично с Потием.

В ноябре 1605 в Москву в составе делегации Апостольского престола приезжал монах Троицкого униатского монастыря Иосиф Рутский, происходивший, как говорили, из старинного рода московских бояр Вельяминовых, бежавших в Литву от Ивана Грозного. В начале 1606 года он беседовал с Дмитрием Самозванцем, босым кармелитом Павлом Симоном и иезуитом Николаем Чужовским о присоединении Московской церкви к унии. Договорились о приезде в восточнославянские монастыри латинских монахов, которые показали бы пример истинного благочестия в католическом духе. Рутский поехал в Рим для благословения. Папа указал послать несколько босых кармелитов для обновления монашеской жизни в восточные монастыри. Желающих кармелитов не нашлось. Рутский обратился к иезуитам, те откликнулись и пришли на жительство в Троицкий монастырь. Святодуховские братчики обвинили униатов, что они продали церкви и монастырь иезуитам.

После реорганизации Свято-Троицкого братства, митрополит Потий назначил князя Федора Скумина-Тышкевича, присоединившегося с большой группой шляхты к унии, его главой.

Виленское братство Святого Духа подало в суд на Потия и Троицкое братство за присвоение привилегий. Началась долгая тяжба за право первородства. В разгар борьбы архимандрит Свято-Троицкого монастыря Самуил Синчило перешел на сторону противников унии и сговорился со святодуховцами занять все имущество митрополии и присягнуть Константинопольскому патриарху. Рутский узнал о планах Синчило и защитил Троицкий монастырь.

Протопресвитер Варфоломей Зашковский собрал белое виленское духовенство, отрекся от послушания Потию, целовал крест на верность Константинополю, после чего святодуховцы захватили все храмы и митрополичью резиденцию. Ожидали, что на предстоящем Сейме удастся отменить унию. Король велел вернуть имущество митрополиту. Виленский магистрат, где большинство составляли православные и протестанты, не подчинился. Святодуховцы продолжали осаду Свято-Троицкого монастыря. В конце концов, архимандрита Синчило удалось изгнать из Вильно, и город успокоился.

Вскоре против Потия взбунтовалось белое духовенство в Гродно и Новгороде-Волынском. Потий подал в суд, который постановил имущество Потию вернуть, а виновных в его захвате гродненского протопресвитера Василия Вербовицкого и новгородского священника Константина Григоровича приговорил к изгнанию. Григорович сразу же покаялся и присягнул на верность митрополиту, который восстановил его в должности.

Потий на собраниях духовенства не уставал повторять, что не отдавал иезуитам монастыря, а лишь пытался возродить в нем дух истинного монашеского благочестия. В Вильно по суду королевские слуги описали все церковное имущество и передали его митрополиту, кроме церкви Святого Духа. Святодуховцы опять восстали. Когда митрополит въехал в город на коне, гайдук Иван Тупека ударил его саблей. Потий закрылся рукой, сабля отрубила ему средний и безымянный палец и разбила цепь наперсного креста. Митрополит упал на землю в крови. Тупеку схватили, но Потий сказал, что простил его. Покушение на жизнь духовной особы, тем более во время визита в город короля, каралось четвертованием. Потий просил о помиловании и послал к приговоренному в темницу своего монаха Иосафата Кунцевича, который пробыл с ним до самой казни. Тупека не сказал, почему он хотел убить митрополита, но покаялся и исповедывался.