Конфликту между братском и епископом Гедеоном Балабаном во Львове казалось не будет конца. Братчики не признали решений собора о подчинении их местному епископу и донесли на его аморальное поведение митрополиту Михаилу Рагозе. Львовяне говорили: "Если не исправится в Церкви беззаконие, то вконец разойдемся, отступим под римское послушание и будем жить в безмятежном покое."греческому обряду."

В 1593 году Епископ Гедеон Балабан упросил короля назначить комиссию для решения вопроса, кому должна принадлежать власть над церквами львовского братства. Эта комиссия, состоявшая из четырех латинян и одного православного, постановила вернуть храмы Балабану. Митрополит Михаил 15 февраля 1593 года вызвал Балабана в церковный суд за нарушение канонов, запрещавших рассматривать духовные дела в светском суде. Гедеон не явился. 27 июня собор епископов отлучил его заочно. Решение собора вручили епископу Гедеону при двух благородных свидетелях, но владыка продолжал священнодействовать.

Год спустя Гедеон вновь не явился на очередной митрополичий собор и, кроме того, объявил сам собор незаконным. У себя в епархии владыка продолжал экспроприировать имущество братства и митрополита, не обращая внимания на церковные проклятий свыше.

26 сентября 1594 года по определению Собора, митрополит Михаил изверг Гедеона Балабана из сана и сообщил об этом канцлеру Польши Яну Замойскому. В связи с тем, что владыки вели переговоры о соединении с Римом, то дело о смещении Гедеона Балабана так и осталось неутвержденным королем.

28 января 1595 года епископ Львовский Гедеон Балабан вместе с высшим духовенством, архимандритами Киево-Печерского, Супрасльского, Дерманского и других крупных монастырей подписал клятву послушания Римскому папе в соответствии с решениями Ферраро-Флорентийского собора. Выражалось стремление освободиться от поборов и вмешательства бродячего греческого духовенства и крупного шляхетства в духовные дела.