Обострение польского национального вопроса привело к новому восстанию в 1863 г. , после подавления которого в Сибирь административным порядком выселялись целые польские деревни. Закрывались католические монастыри, монахи высылались, а имущество передавалось Греко-российской церкви, что заложило основу национально-религиозного конфликта, разразившегося после достижения Польшей независимости. На место выселенных поляков переселялись украинцы и белорусы, костелы переосвящались в православные церкви.

В господствующее православие ,по данным Синода, перешло около 50 000 латинян, которым угрожала высылка в Сибирь по подозрению в поддержке восстания. За обращение в правую веру, в соответствии с российским законодательством, они были освобождены от наказания. Спустя 40 лет после манифеста о веротерпимости они или их потомки вернулись в латинство

Административное преследование и ограничение коснулось деятельности всей Римско-католической церкви в России, которое привело к упразднению нескольких епархий и духовной академии в Варшаве. 2 октября 1866 г. Пий IX публично осудил меры Российского императора, за что последний наказал папу аннулированием конкордата и разрывом дипломатических отношений.

Кроме того, Синода активно пытался разлагать римский католицизм на его родных просторах. Узнав о трудностях аббата Гетте (Guette), книги которого запрещались католической цензурой во Франции, Московская духовная академия за сочинение "Схизматическое папство" избрала его доктором православного богословия "honoris causa". В 1862 г. аббат перешел в православие и принял русское подданство и был перерукоположен во священники. Позже он служил в Париже в русской посольской церкви и публиковал по французски труды против папства.

Указом от 10 октября 1867 года в империи деятельность католической церкви поставлена под жесткий контроль со стороны государства, она была буквально превращена в схизматическую от Рима организацию. Пий IX опубликовал энциклику "Levate", в которой осуждал деятельность Духовной коллегии по делам римско-католического исповедания и запретил епископам принимать в ней участия. Пять епископов послушались Папу, за что были удалены со своих кафедр и сосланы.

Католическая церковь рассматривалась российским правительством заложником польского вопроса. Это привело к национальной консервации католичества.

В целях борьбы с польским национализмом распоряжением правительства в 1868 году римско-католическим приходам в этнической Беларуси было предписано перейти на русский язык вместо польского в проповеди и внелитургических богослужениях. Это вмешательство в дела церкви вызвало волнения духовенства и мирян. За это было закрыто 18 латинских храмов и выслан правящий епископ.

В 1875 году была упразднена последняя - Холмская греко-католическая епархия, подчинявшая напрямую Риму. Ликвидация сопровождалась насилием и кровопролитием. В г. Пратулине на Подляшье отрядом солдат, посланным в качестве моральной поддержки присоединения к православию, за отказ покинуть храм было застрелены 13 молящихся униатов (в 1996 году они были прославлены Папой Иоанном Павлом II как мученики за веру).

Из-за непреклонной позиции католического епископата русское правительство вновь вступило в переговоры с Апостольским Престолом. В 1875 году последовала реформа Духовной коллегии, где католическим епископам была дарована несколько большая свобода, чем ранее.

Воцарившийся император Александр III, проводя охранительную политику, начал нормализацию отношений со Святым Престолом. В 1883 году было заключено очередное соглашение, а в следующем году был вновь назначен посланник в Рим. Конец царствования Александра III был омрачен новыми религиозными волнениями в католических губерниях, подавление которых привело к разрушению нескольких костелов и крестов.