В 1831 году Папа отказался благословить польское восстание за независимость, ибо "Церкви ненавистен шум оружия и бунты." Этим была оказана большая услуга российской государственности. В благодарность в 1839 году в результате более чем 10 летней подготовительной работы была ликвидирована Греко-католическая церковь во всем Западном крае, за исключением Холмщины. Поводом послужило, якобы, участие греко-католиков в Польском восстании 1830-31 гг. На самом деле член униатского департамента Католической коллегии о.Иосиф Семашко разработал план ликвидации Унии еще в 1828 году, о чем доложил в Синод. В том же году данный план был высочайше одобрен. Украинское и белорусское крестьянской население Западного края традиционно негативно относились к полякам и к их политическим целям. Поэтому обвинение униатов в антигосударственной деятельности имело под собой мало оснований.

Особенностью данного массового присоединения было то, что мирян не заставляли отрекаться от католической веры, как полагалось уставами Синодальной церкви, а священников и епископов принимали "в сущем сане" без повторного рукоположения. Тем самым "де факто" было подтверждено тождественность веры католической и православной.

Множество униатского духовенства, не подчинившегося данному решению было этапировано в Сибирь. В василианские монастыри было запрещено принимать послушников. Все это привело к ухудшению отношений с Римом. Около десятой части униатов перешла в латинство. Высланные в Сибирь поляки создали там приходские общины.

Однако, в связи с ростом революционных настроений в Европе Николай I начал переговоры с Апостольским престолом, закончившиеся в августе 1847 года заключением несовершенного конкордата, не разрешившего множества спорных вопросов. Власть латинских епископов была немного расширена. Папа требовал восстановления Греко-католической церкви.

В 1848 году образована Тираспольская епархия с центром в Саратове, для духовного окормления русских немцев католического исповедания.