После Ферраро-Флорентийского собора попытки Рима наладить отношения с Москвой столкнулись с сопротивлением со стороны польского короля и местной латинской иерархии. Польское государство осознавало себя форпостом западной цивилизации перед лицом восточного деспотизма (т.е. русского царизма) и язычества (т.е. православия).

Сомневаясь в том, действительно ли московиты христиане, польские епископы требовали повторного крещения от православных при переходе в римское католичество. Лишь неоднократное вмешательство Римского престола запретило перекрещивание. В польских богословских трудах и документах православные церкви часто назывались "синагогами"(как у иудеев). Но и московиты не отставали от поляков и называли латинские храмы "божницами" (как у язычников) и тоже перекрещивали латинян при их переходе в православие. Московские государи рассматривали восточнославянские земли в составе Речи Посполитой, как свою законную вотчину. Соперничество между Польшей и России вылилось в поддержку Польшей самозванца Лжедмитрия.

Когда Григорий Отрепьев провозгласил себя наследником московского престола Дмитрием Иоанновичем, то получил поддержку некоторых латинских иерархов и папского нунция в Варшаве. Лжедмитрия принял в католичество о. Каспер Савицкий ОИ в 1603 г., хотя некоторые иезуиты сомневались в законности его притязаний на московский престол.

Когда в 1605 г. Лжедмитрий I торжественно въехал в Москву, в числе его свиты находилось двое иезуитов: оо. Николай Цировский и Георгий Лавицкий, которые служили капелланами при польском отряде, сопровождавшим самозванца. Оба они присутствовали при коронации Лжедмитрия по православному обряду в Успенском соборе. Иезуиты как не стремились, не могли принять сколько-нибудь деятельного участия в политике, ибо самозванец был постоянно окружен боярами, не отпускавшими его от себя ни на шаг.

Вместе с тем, Лжедмитрий никогда не открывал подданным своего тайного латинства. Самозванец обещал латинянам утвердить позиции Католической церкви в России, построить несколько храмов и монастырь для иезуитов, но обещаний своих не сдержал. В мае 1606 г. после расправы москвичей со Лжедмитрием I иезуиты бежали Польшу.

После изгнания интервентов, окончания Смутного времени и воцарения дома Романовых в 1613 въезд латинскому духовенству был запрещен. Патриарх Филарет Никитич, полагая, что все православие вне Московского государства заражено и совращено латинством распорядился совершать повторное крещение и рукоположение для киевских православных священников, желавших служить в Москве.

В 1627 году король Франции предложил заключить торговый договор с Россией и открыть в Москве латинский храм, то получил отказ. В 1659 г. в Москву, желая поступить на государственную службу , приехал католический священник о. Юрий Крижанич (1618-1683) из Хорватии, образованнейший человек того времени, поборник соединения церквей. Он был принят на государеву службу для составления славянской грамматики и латинско-русского словаря, но по доносу был арестован и 15 лет провел в ссылке в Тобольске. Лишь после смерти царя Алексея Михайловича о. Юрий был освобожден. Больным и немощным он отправился в Вильно, где в доминиканском монастыре написал труд "История Сибири". Погиб под Веной во время защиты ее от турецкого войска, будучи капелланом польского отряда. Идеи Крижанича о единстве Церкви, как залога славянского единства не были поняты его современниками, позже схожие мысли высказывались славянофилами.