Помимо иезуитов, папа прибег и к другим силовым методам борьбы с ересями. Монашеский орден доминиканцев создал по всей Европе органы «святой инквизиции» – следственные органы, целью которых было выявлять еретиков и других преступников против веры, судить их и предавать справедливому наказанию. Иезуиты, на которых многие историки последующего времени возлагали всю ответственность за кровавые деяния инквизиции, мало принимали в ней участие.

Инквизиция была беспощадна к любому проявлению инакомыслия. Католические государи нередко прибегали к помощи инквизиторов в борьбе с народными восстаниями. Особенно свирепствовала инквизиция в Нидерландах, Испании – странах, где правила династия «католических королей» Габсбургов. Впрочем, ни одна страна в Европе в XVI в. не избежала этой участи. Костры святой инквизиции пылали повсюду. В конце Возрождения, когда научная мысль была на самом подъеме, любые теории, противоречившие церковным, считались ересью. За свои убеждения был сожжен итальянский ученый Джордано Бруно, чудом избежали костра Николай Коперник и Галилео Галилей. Итальянец Томмазо Кампанелла, автор утопии «Город Солнца», затрагивавшей не столько вопросы веры, сколько социальное устройство общества, также был обвинен инквизиторами в ереси и еле выжил после тяжелейших пыток.