Учение Кальвина, с его призывами ко всеобщему социальному равенству, с признанием мирского процветания как главной добродетели, получило одобрение среди бюргерства городских кантонов. В 1536 г. Кальвин прибыл в Женеву, где его вероучение мгновенно стало очень популярным. Кальвин создал собственную церковную структуру, отличавшуюся от прочих протестантских церквей прежде всего организационно. Община верующих избирала пастора, нескольких старейшин-пресвитеров, занимавшихся административными вопросами, и дьяконов, собиравших и распределявших милостыню. Высший совет кальвинистской церкви – консистория – включал в себя пятерых пасторов и двенадцать пресвитеров.

Сила кальвинистов в Женеве была настолько велика, что церковь вскоре подчинила себе и светскую власть. В кантоне установилось по сути теократическое государство. Это не могло понравиться верхушке знатных горожан, и Кальвин был изгнан из Женевы. Впрочем, ненадолго. Уже в 1541 г. он вернулся в город, где его сторонники победили окончательно. Кальвинизм одержал полную победу во всех протестантских кантонах Швейцарии. Вернувшись в Женеву, Кальвин получил неограниченную власть и над городом, и над церковью, и над всей протестантской частью страны. На протяжении двадцати с лишним лет, до самой своей смерти, идеолог Реформации носил неофициальное, хотя известное всей Европе, прозвище «женевский папа».

Кальвинистская церковь вела себя по отношению к инакомыслящим едва ли не суровее, чем католицизм, с которым так усердно боролась Реформация. Церковная революция, потрясшая католическую церковь до самого основания, мало что изменила в общественном положении церкви в странах Реформации. И лютеране в Германии, и кальвинисты в Швейцарии были беспощадны к инакомыслящим. В отличие от Германии, где светские князья покорили церковь, швейцарская протестантская церковь подчинила себе все общество едва ли не сильнее, чем католическая в период своего наибольшего процветания.

Инакомыслящих «женевский папа» карал так же сурово, как и папа римский. Он не делал особых различий между католиками и протестантами, еретиками и светскими учеными. Методы главы швейцарской Реформации тоже не отличались от тех, какими пыталась защитить свою целостность католическая церковь. По личному приказанию Кальвина в Женеве был предан церковному суду испанский гуманист Мигель Сервет. В родной Испании Сервету грозил костер инквизиции – ученый выступал с отрицанием тройственной сущности Бога. В Швейцарии, оплоте Реформации, его сожгли за то же самое. Анабаптисты подвергались в кальвинистской Женеве таким же гонениям, как и католики. На долгое время Женева стала одним из самых мрачных и страшных городов Европы. Кальвинистские пресвитеры строго следили за соблюдением правил благочестия,   искореняли роскошь, отменили все праздники, кроме официальных празднеств кальвинистской церкви.