20 сентября 1948 года протопресвитер Гавриил Костельник возвращался с Божественной литургии, которую он совершил в Преображенской церкви Львова. Раздались выстрелы и крики "Настоятеля убили". Покушавшийся пытался убежать, но его застрелил оказавшийся рядом милиционер в штатском. Несколько минут спустя в квартиру Костельника постучались сотрудники НКВД, которые сказали, что расследуют убийство настоятеля. Они вошли в его кабинет и ключами, находившимися в кармане убитого, открыли его личный сейф и забрали бумаги, которые ранее о. Гавриил привез из Москвы с совещания предстоятелей Православных церквей, где жаловался на то, что Московская патриархия не выполняет условий о предоставлении Галицкой церкви автономии. Убийство Костельника списали на бандеровцев.

После смерти Костельника НКВД провел чистку бывших участников инициативной группы: были арестованы и пропали в недрах ГУЛАГА кандидат в епископы Евгений Юрык и секретарь Львовского собора Сергий Хрутский. Епископы Пельвецкий и Мельник умерли от сердечных болезней в расцвете лет. Вместе с ними ушла и автономия Галицкой церкви.