12 ноября 1944 года на Галицкую митрополичью кафедру вступил епископ Иосиф Слипый. В это время советская администрация уже составляла списки духовенства и реестры церковного имущества, но в сотрудничестве с гитлеровцами митрополию еще не обвиняла. Делегация греко-католического духовенства во главе с архимандритом Климентием Шептицким (братом митрополита) собрала большую сумму денег для помощи раненым Советской армии. В декабре архимандрит Климентий, о. Гавриил Костельник, о. Иван Котов и иеромонах Герман Будзинский ездили в Москву, где встречались Председателем совета по делам религиозных культов при СНК полковником НКВД Полянским и выразили на словах послушание Советской власти в гражданских делах. Они просили гарантий для совершения богослужений. Гавриил Костельник энергично отстаивал права Греко-католической церкви.

15 марта 1945 года Председатель совета по делам РПЦ полковник Карпов разработал инструкцию по пресечению влияния Ватикана на послевоенную Европу и послал ее на утверждение И. Сталину, В. Молотову и Л. Берии. Предусматривалось с помощью Московской патриархии и старокатоликов в Прибалтике оторвать от Ватикана значительную часть верующих. Инициативный полковник писал, что Православная церковь "может и должна сыграть значительную роль в борьбе против римско-католической церкви... Совет предлагает: а) организовать в г. Львове православную епархию...; б) предоставить епископу и всем священнослужителям данной епархии права на проведение миссионерской работы...; е) организовать внутри униатской церкви инициативную группу, которая должна будет декларативно заявить о разрыве с Ватиканом и призвать униатское духовенство к переходу в православие".

8 апреля 1945 в газете "Вiльна Україна" была опубликована статья "З хрестом чи ножем" направленная против Греко-католической церкви, в которой она была обвинена в сотрудничестве с гитлеровцами.

12 апреля 1945 сотрудники НКВД арестовали одновременно всех греко-католических епископов Иосифа Слипого, Николая Чарнецкого, Никиту Будку, Григория Хомышина и Иоанна Лятышевского. Позже были арестованы члены кафедральных капитул Станиславской и Львовской епархий. Студентов духовных школ призвали в Советскую Армию. На допросах от владык требовали подписать отречение от Ватикана, за что обещали кафедры в Московской патриархии. Иосифу Слипому предлагали Киевскую митрополию сразу и патриаршество в перспективе.

27 апреля 1945 г. из Киева прибыл во Львов и поселился при православном храме Св. Юра новоназначенный православный епископ Львовский и Тернопольский Макарий Оксиюк (до революции был профессором Киевской духовной академии).

Инициативные группы по соединению с Московской патриархией возглавили священники Гавриил Костельник из Львовской митрополии, Михаил Мельник из Станиславовской епархии и Андрей Пельвецкий из Перемышльской. Им было поручено собрать списки священников, желающих и не желающих воссоединиться с Московской патриархией. Они лично обходили священников своих епархий и убеждали подписаться под заявлением перейти в православие, чтобы спасти веру в народе. По их словам, не подписавшим грозила тюрьма, а галицкому народу - падение благочестия. Необходимо пойти на компромисс, чтобы не допустить в Галицию московских церковных неучей. Члены инициативной группы ездили в Москву, где в Чистом переулке вели переговоры об условиях вхождения под омофор патриарха Третьего Рима.

1 июля 1945 ода архимандрит Климентий Шептицкий собрал 61 подпись греко-католического священника под просьбой освободить арестованных епископов и прекратить преследование Греко-католической церкви.

В декабре 1945 года папа Пий XII выпустил послание в защиту Украинской церкви, в которой призвал галичан хранить веру христианскую.

В марте 1946 года в советских газетах были опубликованы обвинения против греко-католического епископата, на основании которых состоялся закрытый судебный процесс. Позже было объявлено, что на суде был доказано, что епископы сотрудничали с гестапо и занимались антисоветской деятельностью, за что и получили от 5 до 10 лет лагерей. Обвинение опиралось на то, что во время оккупации Галиции, греко-католические владыки оставались на своих местах и не могли не общаться с гитлеровскими оккупантами.

Вскоре в Польше был арестован епископ Перемышльский Иосафат Коциловский. Власти держали его в Львовской тюрьме и предлагали ему возглавить предстоящий антипапский собор. Вскоре он умер.