В 1802 году каноник Шантир аудитор Могилевской Римско-католической митрополии разослал униатским благочинным уведомление, что император благословляет униатов переходить в латинский обряд, ибо уния вскоре будет упразднена. Несколько приходов в Беларуси сразу целиком перешли в латинство. Владыка Ираклий Лисовский потребовал от них вернуться назад.

В 1804 году по ходатайству легата Фомы Ареццо высочайшим повелением митрополиту Ростоцкому было дано право выполнять функции главы Униатской церкви.

В 1805 году русское правительство запросило владыку Ираклия Лисовского о взаимоотношениях между униатами и католиками. Лисовский ответил, что униаты всегда подчинялись только папе, и никогда - местным латинским властям. Папа даровал униатским митрополитам патриаршую власть, которую забрало правительство. Латинское духовенство и польские помещики на местах пророчествуют о скором упразднении унии и приглашают всех в латинский обряд, ибо там меньше постов и подаяний духовенству. Паны обещают униатскому духовенству в случае перехода в латинский обряд повысить содержание, а в случае непослушания наоборот сократить. Лисовский привел фамилии 23 священников, перешедших в латинство.

В ответ на жалобы Лисовского 19 июля 1805 года император разделил римско-католическую коллегию на 2 департамента для латинян и униатов. (Управление церковью методом коллегий никогда не признавалось Апостольским престолом каноничным).

24 июля 1806 император восстановил Киевскую митрополию под названием "Митрополия все соединенных в России". Митрополитом был назначен Ираклий Лисовский без указания территории его юрисдикции.

Про это в Риме узнали из письма секретаря папского легата. Из-за того, что император не посчитал нужным попросить папу благословить это назначение, митрополит Лисовский так и не был утвержден Римом и оставался лишь администратором митрополии до своей смерти в 1809 году.

Следующий за ним митрополит Григорий Коханович также не имел подтверждения апостольского престола на возглавление церкви. В присутствии католических епископов обоих обрядов епископов, он произнес исповедание кафолической веры и верности Риму, после чего рукоположил новых архиереев на вакантные кафедры.