Чтобы положить конец конфликту между православными и униатами, государыня императрица приказала в зоне досягаемости российских войск арестовать все униатских священников, которые откажутся переходить в православие, и отобрать все церковное имущество, на которое претендуют православные. На Киевщине сразу же было конфисковано 1200 униатских храмов и арестованы десятки священников, которых стараниями варшавского нунция удалось вскоре освободить.

На правый берег вторглись независимые отряды казаков и прошлись рейдом по селам, изгоняя униатских священников, отказавшихся перейти в "древнее благочестие". Один из пастырей, о. Яков Заличевский сказал им: "Хоть и приход потеряю, а "благочестивым" быть не желаю".

После первого раздела Речи Посполитой в 1772 году на правобережье Днепра выехал по поручению Апостольского престола Холмский епископ Максимилиан Рылло, чтобы оценить потери униатской церкви. Во время визитации его задержали российские власти и освободили только по заступничеству нунция и послов т.н. католических держав. На многочисленные обращения Римского престола в 1773 г. Екатерина II формально гарантировала права католическому духовенству обоих обрядов. В 1778 году во время визитации оставшихся приходов в Умани умер митрополит Володкович. Его заступил митрополит Лев Шептицкий. В 1783 году в ответ на письменное обращение папы Пия VI русская императрица дала очередное послабление Униатской церкви в присоединенных землях и разрешила назначить епископа на вакантную Полоцкую митрополию.

Украинское дворянство вскоре выпустило документ "Глас жителей воеводств и поветов русских к гражданам, собранных на предсеймовые сеймики и сам сейм 1786 года", где предложило упразднить восточный обряд и перейти всем украинцам на латинство. Шляхтичи полагали, что если после нескольких веков искоренения униатства, оно еще осталось, то простой народ так глубоко привязался к католической идее, что спокойно перейдет в костелы.

В 1787году императрица указала, что печатать духовные книги могут только типографии, подчиненные синоду. Издательская деятельность униатских типографий прекратилась.

В 1793 году у государыни Екатерины синодальные владыки совещались о том, как лучше и наверняка искоренить унию. Греческий епископ Херсонеса Евгений Булгарис посоветовал создать казенные противоуниатские миссии под руководством православных епископов, которые бы проповедовали в униатских селах и местечках, агитировали мирян и духовенство в православие. Во главе апостольского дела обращения в "отеческую веру" назначили епископа Переяславского и Бориспольского Виктора Садковского, знатока польско-украинских дел. Ему выделили крупную по тем временам сумму в 20 000 рублей для поощрения присоединившихся к православию. Военные получили приказ прикрывать духовных тружеников с тыла. Одновременно иеромонахам василианам запретили проповедовать и устраивать народные миссии.

В следующем 1794 году владыка Виктор Садковский разослал обращения с призывом переходить "в правую веру ". Эти послания зачитывались в городах и весях как государственные акты. Если находились желающие, то их записывали в книги, выплачивали денежное пособие и присылали священника с отрядом солдат, которые изымали церковь у униатов и передавали православным. Униатских духовных лиц высылали вместе с семьями. Православный священник и псаломщик были обязаны совершать богослужения, даже в пустом храме.

В Полоцк, Минск, Луцк и Могилев были назначены викарные православные епископы. Указывалось упразднять небольшие униатские приходы, если к ним приписаны мене 100 дворов. В случае если они хотели перейти в православие, им разрешалось существовать. Униатские епархии за исключением Полоцкой были упразднены, а епископы отправлены на пенсию или за границу. Их имущество передавалось в казну. Митрополиту Феодосию Ростоцкому запретили управлять своей епархией и принудительно переселили в Петербург.

Чиновник Гавриил Иванович Добрынин писал, что в результате его поездок и обращений к селянам переименовать свою веру, никто не перешел до господствующего исповедания. Из соседних же мест, где отмечались многочисленные случаи обращения в православие, поступали массовые жалобы о насилии со стороны синодального духовенства и военных.

В результате апостольских трудов епископа Виктора Садковского в "веру отцов и дедов" в течение года перешло свыше 2 тысяч приходов, униатская церковь потеряла 145 василианских монастырей и около 8 млн. верующих. Монастырям было запрещено высочайшим указом печатать собственные богослужебные книги, но только по образцам Киево-Печерской лавры с добавлением униатского календаря и упоминания папы. Василиан, отказавшихся уйти из монастырей, посадили в Житомирскую тюрьму. В храмах, изъятых у униатов, Синод распорядился срочно построить иконостасы, но денег выделил мало.

Архиепископ Полоцкий Ираклий Лисовский обратился с пастырским посланием в своей епархии не противодействовать государственно-схизматической пропаганде, ибо это могло бы привести бы к уголовным преследованиям.