Несмотря на решения Брестского собора, король продолжал назначать на кафедры не кандидатов, выбранных на соборе епископов, а выдвиженцев влиятельных дворян.

В 1607 году на Луцкую кафедру после смерти Кирилла Терлецкого был выдвинут своими собратьями шляхтич Евстахий Малинский, вдовец, ранее трижды женатый. Папа по запросу нунция дал ему диспенсацию.

После смерти Гедеона Балабана король утвердил на кафедру Иеремию Тысаровского по рекомендации львовского латинского архиепископа Замойского. Иеремия пообещал папе присоединиться к Риму и поехал в Яссы, где принял посвящение из рук православного митрополита Сучавского Анастасия, сложив присягу на послушание Константинополю. Для спокойствия в державе король разрешил ему служить во Львове. После смерти Константина Острожского в 1608 году, центром сопротивления унии стало виленское Святодуховское братство, где печаталась антиуниатская литература.

В 1608 году в Киеве взбунтовались монахи Печерского монастыря против архимандрита Елисея за расточительный образ жизни и нерадение о братии. Воспользовавшись этим, митрополит Потий пытался укрепить свою духовную власть в Киеве и назначил иеромонаха Антония Грековича архимандритом Киевского Выдубецкого монастыря и своим наместником в Киеве. Его миссия не привела к расширению унии, киевская шляхта и казаки отказались подчиняться митрополиту, угрожали архимандриту Антонию смертью (в 1618 году казаки утопили его в проруби; когда он хватался за края полыньи, ему отрубили руки).

На вакантную Перемышльскую епархию был назначен униатский кандидат Анастасий Крупецкий, ранее бывший латинянином и секретарем королевской канцелярии. Перед епископской хиротонией он принял монашество и перешел в восточный обряд.Горожане и шляхта не впустили его в резиденцию и кафедральный собор. Ему удалось присоединить к унии лишь часть приходов епархии.

В 1609 году группа минских мещан захватила церковь Рождества Богородицы и вывела ее из подчинения Киевского митрополита.