С приходом к власти Н.С. Хрущева положение католиков в России кратковременно улучшилось. После 1955 года из лагерей вышли оставшиеся в живых католические священники и миряне, осужденные за веру. Многим из них было запрещено возвращаться в западные области Союза и они остались на жительство и подпольное служение в Азиатской части России.

Заключенные священники-иностранцы: Жан Никола, Венделин Яворка, Пьетро Леони, Павел Шалей и несколько мирян выданы в их родные страны. В своих мемуарах они подробно описали преследования верующих в Советском Союзе и все ужасы Гулага.

Начавшееся в конце 50-х годов очередное, т.н. "хрущевское" гонение на веру, почти не коснулось католиков в России, ибо у них осталось всего 2 действующих храма: в Ленинграде и Москве.

Осенью 1962 года потеплело отношения к Ватикану со стороны Московской Патриархии. 27 сентября 1962 г. в Москву прилетел сотрудник Папской курии еп. Иоанн Виллебрандс, секретарь совета по содействию единству христиан для переговоров с Синодом РПЦ о посылки наблюдателей на II Ватиканский собор.

На заседании Политбюро ЦК КПСС было решено направить наблюдателей от Русской Православной церкви на II Ватиканский собор. 10 октября такое решение было проведено на заседании Священного Синода. Кроме того Виллебрандс обратился к Советскому правительству с просьбой освободить из под стражи главу Украинской Греко-католической церкви митрополита Иосифа (Слипого) , который отбывал уже второй срок за воссоздание структур своей церкви на территории СССР. Кроме того митрополит Иосиф Слипый вел активную переписку с священниками и мирянами с призывом не признавать решения Львовского разбойничьего собора 1946 года.

После возвращения наблюдателей Московской Патриархии протоиерея Виталия Борового и архимандрита Владимира (Котлярова) из Рима, Советское правительство решило освободить из мордовского лагеря митрополита Слипого, который провел в заключении 18 лет. В начале февраля еп. Иоанн Виллебрандс вновь прилетел в Москву, где передал освобожденному митр. Иосифу приглашение Папы принять участие во II Ватиканском соборе. 5 февраля они выехали в Рим поездом. На границе у Слипого изъяли советский паспорт, и его возвращение в Союз стало невозможным.

В тот же году в США был выдан американский гражданин иеромонах Общества Иисусова Уолтер Чишек, находившийся в лагерях и ссылке с 41- го года. Его подельник о. Виктор Новиков остался в Советском Союзе, где работал преподавателем латинского языка в провинциальном городке в Башкирии до своей смерти в 1979 году.

7 марта 1963 года Папа Иоанн XXIII принял зятя Хрущева Алексея Аджубея и его супругу, разговор касался ослабления международной напряженности и борьбы за мир.

В то время верующих римо-католиков в России окормляли священники, приезжавшие из Прибалтики.