После захвата Польши Германией и Советским Союзом католические священнослужители продолжали религиозную деятельность на землях присоединенных к Советскому Союзу. НКВД постепенно стал препятствовать их деятельности, а также начал сбор компромата на Греко-католическую церковь и митрополита Андрея Шептицкого , который 1939г. основал на территории Советского Союза 4 католических экзархата восточного обряда. В глубь России на Урал тайно отправились два католических священника оо. Виктор Новиков и Уолтер Чишек, члены Общества Иисусова. Несколько выпускников Руссикума: Фабиан Абрантович и Георгий Москва пытались тайно проникнуть в СССР, но были арестованы при переходе границы.

Папа Пий XII отказал Гитлеру в благословении войны против России, ибо с его точки зрения это война была начата не с целью освобождения русского народа от ига коммунизма, а именно против него(народа -С.Г.)

С началом боевых действий со стороны Германии, о. Георгий Москва был расстрелян, а Чишек с Новиковым арестованы и приговорены к длительному заключению в лагерях.

По подозрению в потенциальной измене, войска НКВД депортировали всех российских немцев из Поволжья.

С наступлением Германии на оккупированных территориях началась активное религиозной возрождение. Но деятельность католической церкви подверглась ограничениям, униатским священникам из Галиции был запрещен выезд на территорию восточной Украины и России.

В сентябре 1943 года на встрече с иерархами МП Сталин, наряду с послаблением Московской патриархии, высказал пожелание превратить Москву в центр, оппозиционного Риму "вселенского православия" и обещал организовать финансовую поддержку данного мероприятия. Сталин понимал, что после II Мировой войны Папа будет продолжать оказывать духовное сопротивление коммунизму в Европе. Риторический вопрос вождя :"Сколько у папы танков?", свидетельствует о его недоумении по поводу международного авторитета Ватикана.

В 1944 Сталину была представлена докладная записка о состоянии римско-католических приходов, которая очевидно предназначалась для переговоров с союзниками по антигитлеровской коалиции.

После отступления немецких войск на освобожденных советских территориях осталось для служения несколько католических священников восточного обряда: Жан Никола, Пьетро Леони, Венделин Яворка, которые сразу же получили солидные сроки лагерей за "шпионаж в пользу Ватикана"

15 марта 1945 года Председатель Совета по делам Русской Православной Церкви при СНК СССР полковник НКВД Карпов подал докладную записку И.В. Сталину с планом поэтапной ликвидации Украинской греко-католической церкви. В ней он пожурил Русскую церковь за недостаточную борьбу с католичеством в прошлом. Вскоре были арестованы все иерархи УГКЦ, которым было предложено перейти под омофор Московского патриарха в обмен на освобождение. Львовский собор 8-10 марта 1946 года, на котором не было ни одного епископа, констатировав, что "Рим искусственно откололся в XI столетии от первоначальной братской православно-соборной Церкви" и отменил унию с Римом, как казалось навсегда.

В 1949 году Пий XII анафематствовал коммунистов, на что митрополит Николай (Ярушевич) сказал, что тем самым Папа показал "свое антихристианское лицо во всем его духовном уродстве".

7 июля 1952 г. Пий XII обратился с посланием ко всем народам России о вреде коммунистических заблуждений призвал их веровать в Пресвятую Троицу и почитать Божию матерь.