При Филиппе II столицей Испании стал город Мадрид. В окрестностях Мадрида король выстроил свою резиденцию – замок Эскуриал (Эскориал), где и проводил большую часть своего времени. Он сосредоточил в Эскуриале все нити управления страной. Редко покидая свое величественное и мрачное убежище, Филипп не принимал участия в сражениях, практически не выезжал в другие владения, но превосходно знал все, что происходит в стране. При нем пышным цветом расцвело доносительство. Доносили на еретиков, на тех, кто злоумышлял против короля, на тех, кто дурно отзывался о католической церкви или святой инквизиции. Если вину обвиняемого доказывали (а при высоком уровне пыточной техники в Испании времен Филиппа сделать это было несложно), доносчик получал десятую часть имущества обвиненного, все остальное уходило в королевскую казну. Приближенных советников у короля практически не было, большую часть вопросов управления государством он решал самостоятельно, покорив дворянство при помощи все той же системы доносительства.

Не менее, если не более страшно обстояли дела в основном заграничном владении короля – в Нидерландах, где безраздельно правил королевский наместник герцог Альба, люто ненавидимый и простым народом, и нидерландской знатью, страдавшей от засилья испанцев. Герцог искоренял ереси с примерной жестокостью, предпочитая «править мертвыми католиками, чем живыми еретиками». Это привело в середине 60-х гг. ко всенародному восстанию, которое возглавили нидерландские дворяне. После почти двадцати лет военных действий северные провинции Нидерландов низложили Филиппа как своего короля, заявив о независимости. Это был тяжелый удар для Филиппа – в Нидерландах были сосредоточены основные промышленные центры его владений, а также торговые пути, соединявшие Центральную и Северную Европу.

Внешняя политика Филиппа II была подчинена той же цели, что и внутренняя. Он стремился установить полную гегемонию Испании в Европе, и искоренить ереси, расползавшиеся по католическому миру. К этой цели он двигался как дипломатическим, так и военным путем. Основным противником Испании в царствование Филиппа стала Англия – сразу по двум причинам. Во-первых, в этой стране протестантизм был не просто официально признан, а объявлен государственной религией. Этого ревностный католик Филипп стерпеть не мог. Во-вторых, англичане, как и испанцы, претендовали на морское господство, и добились на этом пути немалых успехов. Династия Тюдоров, приведшая наконец страну к относительному миру, стремительно расширяла сферу влияния Англии в Европе. Без морского господства это уже не представлялось возможным.