В 1987 по заступничеству премьер-министра Великобритании Маргарет Тэтчер в СССР освобождаются религиозные диссиденты. В том же году украинский греко-католический епископ Павел Василик направил телеграмму М.С. Горбачеву, где уведомил его о выходе из подполья УГКЦ.

В 1988 году на празднование 1000-летия Крещения Руси в Москву приехала делегация Римско-католической церкви во главе с кардиналом Казаролли. В декабре 1989 года состоялась историческая встреча между М.С. Горбачевым и Иоанном Павлом II, шел разговор о визите Папы в Советский Союз и легализации католических приходов. В мае 1990 года в Москву прибыл представитель Святого престола, архиепископ Франческо Коласуонно. В апреле 1991 года Папа назначил двух епископов для России: архиепископа Таддеуша Кондрусевича Апостольским Администратором в Москве; епископа Иосифа Верта ОИ для азиатской части.

В Россию вновь приехали представители католических монашеских орденов, работавшие здесь до революции: ассумпционисты, доминиканцы, иезуиты. Созданы несколько издательств, Колледж католического богословия в Москве, высшая духовная семинария в Петербурге. В настоящее время, впервые в условиях полной свободы своего служения, Римско-католическая церковь имеет в России около 200 приходов, на которых служат около 150 священников, 90%из которых приехали из-за рубежа. Официально Римско-католическая церковь ведет широкий экуменический диалог с Московской Патриархией и стремится проповедовать в первую очередь среди традиционных этноконфессиональных групп: российских немцев, поляков, литовцев и их потомков.