Государственному совету подчинялись наместники, сидевшие во всех областях и в крупных городах. Для обеспечения безопасности по всей стране были разбросаны военные гарнизоны. В стране существовал королевский апелляционный суд, ряд централизованных финансовых и административных структур, контролировавшихся верховной властью. Но, несмотря на сильнейшую бюрократизацию по испанскому образцу, в Нидерландах при Карле по-прежнему сохранялось местное самоуправление, опиравшееся на городские коммуны. Со времен Высокого Средневековья едва ли не каждый город, каждая область, да и вся страна, имели целый ряд вольностей и привилегий, которые ревностно оберегались от испанских властей. Карл V еще мирился со свободолюбием своих первых подданных, Филипп мириться с этим не пожелал. Вскоре после прихода к власти, он ужесточил систему государственного управления в Нидерландах, отменив большую часть льгот городам и областям. Он передал всю власть в стране Государственному совету, фактически упразднив Генеральные штаты. Во главе Совета встал кардинал Гранвелла, такой же религиозный фанатик, как и король. Гранвелла набрал в Государственный совет крупных феодалов, безоговорочно преданных Испании. Во все гарнизоны королевским указом были введены испанские войска, расквартированные на постоянной основе.

Одновременно с этим Филипп усилил борьбу с еретиками-протестантами. Его отец еще в 1520-х гг. начал выпускать особые постановления (плакаты), ограничивавшие или запрещавшие деятельность протестантских сект на территории Нидерландов. Однако он не особенно усердствовал в этом. Филипп же вознамерился создать в Нидерландах подлинную католическую диктатуру. Кардинал Гранвелла сформировал полтора десятка новых епископств на территории страны, и каждому епископу дал указание создать инквизиторский суд в своей епархии. Плакаты Филиппа против еретиков исполнялись католиками с примерной жестокостью, чего не было при его отце. Меры, предпринимавшиеся Филиппом по отношению к Нидерландам, все сильнее озлобляли народ против него. От действий нового короля страдали не только горожане и крестьяне – мелкое и среднее дворянство, не видевшее для себя особых выгод от преданности Филиппу (нидерландским дворянам король не доверял), также не испытывало к нему любви.

В конце 1550-х гг. со стороны Филиппа последовал новый сокрушительный удар – на сей раз по экономике Нидерландов. Испания объявила себя банкротом. Нидерландские банкиры, снабжавшие короля деньгами, были разорены буквально за один день. За этим последовали жесточайшие меры против купцов и мануфактуристов Нидерландов. Сначала Филипп II закрыл им и их товарам доступ в испанские колонии в Америке, а затем запретил торговать с Англией, главным поставщиком шерсти для суконных мануфактур. Последнее распоряжение короля было обращено и против его врагов-англичан, и против ненавистных подданных. Англо-нидерландская торговля заглохла. По всей стране прекратилась работа мануфактур, закрывались порты в приморских городах, тысячи людей теряли работу.