Положение в стране оставалось крайне тяжелым. Повсюду начались крестьянские восстания против сборщиков налогов и дворянства. Претендент на престол от католиков, герцог Гиз, пытался отобрать бразды правления в Париже у «Комитета шестнадцати», и в конце концов преуспел. Силы католиков были изрядно раздроблены. Опасаясь мятежей «черни», знать Северной Франции, вернувшая себе власть в католическом лагере, была вынуждена пойти на примирение с Генрихом Наваррским. Север согласен был принять Генриха в качестве короля, но требовал, чтобы король-кальвинист принял католичество.  В 1593 г. Генрих перешел в новую веру. В ответ на упреки сподвижников он произнес знаменитую фразу: «Париж стоит мессы», то есть трон в Париже стоит того, чтобы ради него выслушивать католическую церковную службу. В 1594 г. Генрих был коронован в Париже под именем Генриха IV Бурбона.

Затем Генрих повел решительную борьбу с войсками Филиппа II, и за пять лет сумел нанести испанцам несколько серьезных поражений. В 1598 г. Филипп II был вынужден капитулировать.

Воссоединение нации

После более чем тридцати лет войн в стране вновь появился единый король. Первым делом Генрих положил конец противостоянию гугенотов и католиков, постаравшись не обидеть ни одну из сторон. Католичество было объявлено государственной религией, но кальвинисты получали полную свободу вероисповедания. На юге и юго-западе страны за гугенотами осталось около двухсот крепостей и гарнизонов. Таким образом, гугеноты сохраняли известную самостоятельность. Они могли назначать своих представителей при королевском дворе, проводить политические и религиозные съезды. Генрих IV стал первым европейским монархом, официально провозгласившим веротерпимость в своих владениях. Подписанный королем в 1598 г. документ вошел в историю под названием Нантского эдикта.

С первых лет своего правления Генрих IV проявил себя как умный и дальновидный политик. Он подобрал в правительство энергичных людей, за короткое время сумевших навести порядок в совершенно разрушенной экономике страны. Ради восстановления сельского хозяйства правительство Генриха пошло на значительное снижение налогов с крестьян, простило все недоимки, накопившиеся за годы гражданских войн. Было запрещено продавать за долги скот и орудия земледелия должника. Под руководством королевского министра Сюлли на больших территориях были проведены мелиоративные работы, осушены болота. Появились новые сельскохозяйственные культуры. В ряде областей стали разводить гусениц шелкопряда для получения шелка-сырца.